Index A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | O | R | T | U | W A adjust_wps() (in module finaletoolkit.frag) agg_bw() (in module finaletoolkit.utils) B b37() (finaletoolkit.genome.GenomeGaps class method) b37_gap_bed() (in module finaletoolkit.genome) C chrom_sizes_to_dict() (in module finaletoolkit.utils) chrom_sizes_to_list() (in module finaletoolkit.utils) cleavage_profile() (in module finaletoolkit.frag) ContigGaps (class in finaletoolkit.genome) coverage() (in module finaletoolkit.frag) D delfi() (in module finaletoolkit.frag) delfi_gc_correct() (in module finaletoolkit.frag) delfi_merge_bins() (in module finaletoolkit.frag) E end_motifs() (in module finaletoolkit.frag) EndMotifFreqs (class in finaletoolkit.frag) EndMotifsIntervals (class in finaletoolkit.frag) F filter_bam() (in module finaletoolkit.utils) frag_array() (in module finaletoolkit.utils) frag_generator() (in module finaletoolkit.utils) frag_length() (in module finaletoolkit.frag) frag_length_bins() (in module finaletoolkit.frag) freq() (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals method) from_file() (finaletoolkit.frag.EndMotifFreqs class method) (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals class method) G GenomeGaps (class in finaletoolkit.genome) get_arm() (finaletoolkit.genome.ContigGaps method) (finaletoolkit.genome.GenomeGaps method) get_contig_gaps() (finaletoolkit.genome.GenomeGaps method) H hg38() (finaletoolkit.genome.GenomeGaps class method) I in_gap() (finaletoolkit.genome.ContigGaps method) in_tcmere() (finaletoolkit.genome.ContigGaps method) (finaletoolkit.genome.GenomeGaps method) interval_end_motifs() (in module finaletoolkit.frag) L low_quality_read_pairs() (in module finaletoolkit.utils) M mds_bed() (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals method) motif_diversity_score() (finaletoolkit.frag.EndMotifFreqs method) (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals method) multi_wps() (in module finaletoolkit.frag) O overlaps() (in module finaletoolkit.utils) overlaps_gap() (finaletoolkit.genome.GenomeGaps method) R region_end_motifs() (in module finaletoolkit.frag) T to_bed() (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals method) (finaletoolkit.genome.GenomeGaps method) to_bedgraph() (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals method) to_tsv() (finaletoolkit.frag.EndMotifFreqs method) (finaletoolkit.frag.EndMotifsIntervals method) U ucsc_hg19() (finaletoolkit.genome.GenomeGaps class method) ucsc_hg19_gap_bed() (in module finaletoolkit.genome) ucsc_hg38_gap_bed() (in module finaletoolkit.genome) W wps() (in module finaletoolkit.frag)
